兽性大发的鬼子被中国女学生伸出了毒手，撕扯、拖拽，猖狂的狞笑，绝望的惨叫，让这件本该代表着神圣的教堂变成了人间炼狱，与学生们拼命反抗。可惜弱小的他们哪里是这群恶魔的对手。约翰看不下去，他搬出洋人身份想要阻止鬼子。然而兽性大发的鬼子已经丧失了理性的汗，被抢砸倒在昏迷前，一个女学生在挣扎中不幸从楼上摔下，死在了他眼前，幸好李教官还在。突然遭到袭击，鬼子们连忙集合冲出了教堂，凭借提前放好的手榴弹也浇灌成功，干掉了十几个鬼子，但他也不幸被手雷炸成重伤，等被找到，她已经全身是血，看坐在了地上。鬼子们没想到，李教官竟然在身上绑满了引线。
随着一声巨大的爆炸，南京城的天空又干净了几次，死了这么多人，鬼子上去非常重视他们，派来一位长官，先是为之前的行为表达了歉意，又表示会保护教堂的安全，唯一的条件就是希望女学生学习演唱一首他们家乡的歌曲。鬼子们走了，看着昨天还好生生的两个13岁女孩儿此刻却变成了尸体，贪财怕死的约翰终于决定要把剩下的孩子全部安全带出去。回到教堂后，秦淮女们看着衣衫褴褛的女学生表达了歉意，一个男人来到教堂，他是书娟的父亲。为了活命，他投靠鬼子弄到了通行证。书娟拒绝离开，他宁愿死也不愿意当汉奸。男人只能无奈离开，约翰连忙拦住他，表示只要弄来修车的工具，自己就有机会就所有人。晚上昏迷的浦生在豆蔻的照顾下终于醒了过来。浦生快不行了，第二天，豆蔻偷偷离开教堂，他答应了浦生，要跟他谈一首最好听的秦淮景，但琵琶弦断了三根。豆蔻决定回翠喜龙拿鞋，和他一起的还有香兰，他要去拿回一个男人送给她的耳环。不幸的是，在返回教堂途中，两人被鬼子发现，香兰被流弹击伤，豆蔻跳进水里，却还是被鬼子抓住。
等约翰感到他们已经变成了尸体，身上满是伤痕，约翰把带血的琵琶弦带回了教堂，他没忍心说出实情。只能对懂英文的玉墨编了个谎言豆蔻和香兰被流弹打死。晚上，书娟的父亲又来了，这一次他带来了旧车，工具以及一张通行证。他已经快没有利用价值了，鬼子随时可能动手，他只能把书娟托付给约翰，约翰使用工具成功修好卡车，然而众人刚逃出去的希望鬼子又来了。女学生们被迫演唱的歌曲一个秦淮女为了找毛不幸被发现，我在书娟急中生智，把他拉进了队伍。演唱完毕，鬼子很满意，他们邀请所有女学生明天去参加庆功宴。
约翰愣住了，让这些南京的孩子，去庆祝南京被鬼子占领，这实在太残忍了。而且约翰知道，如果女学生们去了，他们的下场将会和豆蔻和香兰一样。可惜约翰并没有拒绝的能力。13个人，少一个，所有人都得死。鬼子走后，在书娟的带领下，女学生们爬上了教堂，他们宁愿死，也不让鬼子糟蹋自己的身体。