这部影片的故事以抗日战争时期的南京大屠杀为背景，讲述了年被日军侵占的中国南京，在一个教堂里互不相识的人们之间发生的感人故事。一个为救人而冒充神父的美国人，一群多在教堂里的女学生，14个逃避战火的风尘女子以及殊死抵抗日军的军人和伤兵。他们在危难的时刻放下个人的生与死，去赴一场悲壮的死亡之约。该片主要讲述了日军侵略南京，对女学生侮辱，对中国百姓的残酷。而最终秦淮河的女人们牺牲自己来换取女学生的生命，表达了她们无畏与善良的一面。
一个民族在受伤之后，最该看到的是希望，是我们曾经奋力走出伤痛的努力，是我们骨子里的不服输，是我们内心深处的骄傲。而不是无数次灾难的重现。就像是电影里关于豆蔻的死一样，所有的人都猜得到，可所有的人又都需要那样一个善意的谎言。有时候，有些事，不知道要比知道了好得多。而即便知道了，可能也会宁愿自己不知道。毕竟，一切都已经过去了。是的，过去了。
我们需要从这部电影中习得的，不是那苦难带给我们的仇恨。王尔德说过：仇恨，以心智论是永恒的否定，以感情论，是萎缩退化的一种形式，它消灭一切，除了自己。我们需要从中学到的，该是如何为人，是如何不愧为人。无论你是谁，无论你有着怎样的过去。在和平年代，你有没有对不起谁。而这样的战争年代，民族大义面前，你又是作出了什么选择。也就是说即使你没有帮过谁，那么你有没有害过谁？就像是电影中的书娟在危难关头，把鬼子从秦淮女子藏身的地窖处引开。那一个小小的细节，包含的不仅仅是女孩的智慧，更是为人最基本的原则，不可损人利己，更何况是损人不利己。总之，那个小小的举动，是落难民族间深情地体现：不论我多讨厌你们，但内心里总归还是明白的，我们是一家人，我们必须相互依赖，保护彼此。这种中国人同心同力面对侵略者的主题是真感人。
在《金陵十三钗》中，色彩的运用形成鲜明的对比。该影片无论是服饰还是背景大多数以暗色为主，表现出人物内心的压抑，是对人们面对战争恐惧心理和额内心情感的表达。然而在影片中，只有秦淮河的女人的服饰是鲜艳的，明亮的，这成为该片的一大亮点，服饰的艳丽为影片结尾秦淮河的女子们的无私奉献做了铺垫。此外，巧妙地镜头应用增添了影片的真实感。影片的一开始描述了一个战争场面，一直维持了很长时间，摇晃的镜头使影片显得非常真实，使人有一种身临其境的感觉。画外音是该部影片的另一种大亮点，本片以第一人称的画外音贯穿全片，增添了本片的现实感。另外，令我印象最深刻的片段是那秦淮河的女人决定牺牲自己时的情节，学生们拿出自己平时不舍得穿的衣服给她们换上，看不惯对方的人开始接受对方，敞开心扉，互赠礼物，那幕的羞愧、不舍与无畏，感人肺腑。